Seixas cumpriu os 147,2 quilómetros, entre Portimão e o Alto da Fóia, em 3:49.50 horas, à frente do espanhol Juan Ayuso, segundo, com o mesmo tempo, e do português João Almeida (UAE Emirates), terceiro, a um segundo.
Na geral, Ayuso, que sucede na liderança ao francês Paul Magnier (Soudal Quick-Step) e Seixas totalizam ambos 8:10.44 horas, com João Almeida a fechar o pódio, a sete segundos.
A terceira etapa da Volta ao Algarve, que se realiza na sexta-feira, é um contrarrelógio individual, com partida e chagada a Vilamoura, na distância de 19,5 quilómetros.