Licenciado em Geografia pela Universidade de Coimbra e com pós-graduações nas áreas Gestão de Emergências, Segurança Interna e Sistemas de Informação Geográfica, "Rui Fernandes possui um percurso profissional de mais de duas décadas dedicado ao sistema de emergência, proteção civil e socorro, tendo participado em algumas das mais relevantes operações registadas no País", adianta comunicado do Comando Regional de Emergência e Proteção Civil do Algarve.
Segundo a entidade, Rui Fernandes desempenhou ao longo da sua carreira, entre outras, as funções de coordenador do Serviço Municipal de Proteção Civil, responsável pelo Gabinete Técnico Florestal e Comandante Operacional Municipal de Silves, bem como comandante do corpo de Bombeiros de Albufeira.
Ingressou na Administração Pública em 2007, integrando, desde 2021, o mapa de pessoal da Autoridade Nacional de Emergência e Proteção Civil (ANEPC), na carreira de técnico superior, tendo exercido funções no Comando Regional de Emergência e Proteção Civil do Algarve.